计智伟

学   位

工学博士

职  称  

教授、博士生导师

部   门

（系别）

计算机系

E-mail

Zhiwei.Ji@njau.edu.cn

通信地址

南京市卫岗1号 综合楼A622-1

（团队主页： cdsic.njau.edu.cn，公众号：CDSIC）

个人简介

计智伟，教授，博士生导师，于2020年8月以海外高层次引进人才加盟南京农业大学人工智能学院。南京农业大学--智能科学与技术（博士点）学术带头人。大数据智能计算研究中心（Center for Data Science and Intelligent Computing）负责人。回国之前，计博士受聘于美国德克萨斯大学(The University of Texas)，生物医学信息学系（SBMI），助理教授。

计博士于2016年在同济大学计算机系取得“模式识别与智能系统”专业的博士学位。从2013年5月起，在美国维克森林大学和德克萨斯大学从事科研工作，先后任研究员，博士后，助理教授。他的研究兴趣包括：大数据智能计算，人工智能与模式识别，生物信息与系统生物学。近五年，在相关领域重要期刊，包括：Plant Phenomics (2023), Cell Death & Disease (2022), Expert Systems with Applications (2022), IEEE Transactions on Industrial Informatics (2021), Knowledge-based Systems (2021), Computers in Biology and Medicine (2021), Transboundary and Emerging Diseases (2021), PLoS Computational Biology (2019), IEEE Transactions on Systems, Man, and Cybernetics: Systems (2019), Information Sciences (2019), IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (2022, 2021, 2020)等共发表SCI论文50多篇，谷歌他引2000多次，H指数25。在20篇代表作中，有一篇论文进入全球引用前0.1%，四篇进入前1%。单篇他引超过100次的论文有6篇；超过70次的论文有10篇。申请中国发明专利3项：已授权1项(2019)、实质审查公开2项(2022，2023)。计博士的研究成果受到了领域学者的广泛关注，多个算法模型已被写入Springer和Elsevier的经典教材并分别于2019和2020年在全球公开发行。近两年，受邀担任IEEE T SYST MAN CY-S, BRIEF BIOINFORM, COMPUT BIOL MED, NEUROCOMPUTING以及CVPR, ICDM和 BIBM等国际知名期刊和会议的同行评审专家。作为Guest Editor，分别在IEEE ACM T COMPUT BI, Frontiers系列杂志上成功举办了6个Special Issue，出版Ebook一部。

˜ 工作经历

Ø 2019.3-2020.7，美国德克萨斯大学，休斯顿健康科学中心UTHealth，生物医学信息学系(SBMI)，助理教授。

Ø 2017.7-2019.2，美国德克萨斯大学，休斯顿健康科学中心UTHealth，生物医学信息学系(SBMI)，博士后。合作导师：Prof. Xiaobo Zhou（AIMBE Fellow）

Ø 2016.9-2017.6，美国维克森林大学，放射系，生物信息与系统生物学研究中心，博士后。合作导师：Prof. Xiaobo Zhou。

Ø 2013.5-2015.6，美国维克森林大学，放射系，生物信息与系统生物学研究中心，研究员。

Ø 2003.7-2011.6，浙江农林大学，信息工程学院，讲师。

˜ 教育经历

Ø 2011.9-2016.3，同济大学，计算机系，模式识别与智能系统，工学博士。导师：黄德双教授（IEEE Fellow, IAPR Fellow）

Ø 2006.9-2009.3, 上海大学，计算机工程与科学学院，计算机应用技术，工学硕士。导师：吴耿锋教授

Ø 2005.2-2006.1，浙江大学，计算机科学与技术学院，访问学者。

Ø 1999.9-2003.6，浙江农林大学，信息工程学院，计算机科学与技术，工学学士。

˜ 学术荣誉或学术兼职

Ø 中国生物信息学会-多组学与整合生物学专委会委员，2022.05--现在

Ø 中国-拉丁美洲农业教育科技创新联盟专家，2022.03--现在

Ø 科技部 国家科技专家库评审专家，2021.06--现在

Ø 南京农业大学人工智能学院学术委员会委员，2020.09--现在

Ø 江苏省生物信息学专业委员会委员，2020.11--现在

Ø 江苏省教育厅本科专业综合评估专家，2021.09--现在

研究领域

1. 大数据分析、挖掘与建模技术

2. 人工智能理论与应用研究

3. 生物信息与系统生物学

4. 图像处理与模式识别

教授课程

˜ 博士生课程（智能科学与技术专业）

Ø 《海量生物数据挖掘》

˜ 硕士生课程（计算机科学与技术、电子信息）

Ø 《生物信息学》

˜ 本科生课程（人工智能、大数据、计算机科学与技术）

Ø 《机器学习概论》

Ø 《数据库系统概论》

Ø 《算法设计与分析》

承担项目

1. 基于空间嵌入的高维时间序列数据异常模式发现，科技部-外国专家交流项目，2022-01至2023-12，在研，主持。

2. 时间序列图像驱动的植物表型智能识别理论与技术，南京农业大学中央高校基本业务费，2022-07至2025-06，在研，主持。

3. 大尺度生物分子网络建模揭示肿瘤放射抗性的分子机制，江苏省自然科学基金-面上项目，2021-07至2024-06，在研，主持。

4. 大规模生物信息计算揭示阿尔茨海默病基因表达的振荡模式，南京农业大学外国专家交流项目(短期)，2021-07至2022-06，已结题，主持。

5. AI-优化的生物信息与系统生物学方法研究，南京农业大学海外高层次引进人才启动项目，2020-10至2025-09，在研，主持。

学术成果

(论文、专利、软著等)

一、近5年代表作 (平均影响因子：~7.0 )

1. H Kumar, C Yang, X Chen, Z Ji*, P Kim*. Integrative bioinformatics studies for the potential drug repurposing of transcription factor (TF) fusion proteins in cancer. Nucleic Acids Research, 2023. (Under review)

2. Z Ji^#, J Mims^#, N Devarie-Baez, J Lewis, H Wu, K Shukla, E Lopez, V Vitvitsky, C Key, M Kemp, R Banerjee, J Parks, A Tsang, X Zhou*, C Furdui*. Redox Integration of Signaling and Metabolism in a Head and Neck Cancer Model of Radiation Resistance using COSM^RO. Frontiers in Oncology, 2022. (JCR Q2, IF=6.244)

3. X Xie^#, F Xia^#, K Yan, H Xu, Z Ji*. A novel Feature Selection Strategy Based on Enhanced Slap Swarm Algorithm for Diseased Plant Classification. Plant Phenomics, 2022. (Science Partner Journal, JCR Q1, IF=6.995)

4. E Kim, Y Kim, Z Ji, J Kang, K Ono, M Wirianto, K Paudel, J Kim, K Mahan, X Zhou, H Lee, J Yoo, S Yoo, Z Chen. ROR activation by Nobiletin enhances anti-tumor efficacy via suppression of IκB/NF-κB signaling in triple-negative breast cancer. Cell Death & Disease, 2022. (Cell Press重要期刊, JCR Q1, IF=9.685)

5. Z Ji*, K Yan, X Xie, Y Xiang, J Huang. A Space-embedding Strategy for Anomaly Detection in Multivariate Time Series. Expert Systems with Applications, 2022, 206: 1-15. (CCF推荐期刊, JCR Q1, IF=8.665)

6. K Yan, X Guo, Z Ji, X Zhou. Deep Transfer Learning for Cross-Species Plant Disease Diagnosis Adapting Mixed Subdomains. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2021. (CCF推荐期刊, JCR Q2, IF=3.702)

7. F Xia^#, X Xie^#, S Jin, K Yan, Z Ji*. A Novel Computational Framework for Precision Diagnosis and Subtype Discovery of Plant with Lesion. Frontiers in Plant Science, 2021. (JCR Q1, IF=6.627)

8. X Xie, X Gu, Y Li, Z Ji*. K-size partial reduct: positive region optimization for attribute reduction. Knowledge-based Systems, 2021, 228: 1-16. (CCF推荐期刊, JCR Q1, IF=8.139)

9. X Zhao, H Li, S Lyu, J Zhai, Z Ji, et al., Single-cell transcriptomics reveals heterogeneous progression and EGFR activation in pancreatic adenosquamous carcinoma. International Journal of Biological Sciences, 2021, 17: 2590-2605. (JCR Q1, IF =10.750)

10. Z Ji*, C Liu, W Zhao, C Soto, X Zhou*. Multi-scale modeling for systematically understanding the key roles of microglia in AD development. Computers in Biology and Medicine, 2021, 133: 1-10. (JCR Q1, IF=6.698)

11. T Sun, Y Guo, L Zhao, M Fan, N Huang, M Tian, Q Liu, J Huang, Z Liu, Y Zhao, Z Ji, J Ping*. Evolution of the PB1 gene of human influenza A(H3N2) viruses circulating between 1968 and 2019. Transboundary and Emerging Diseases, 2021. (JCR Q1, IF=4.521)

12. N Jin, Y Zeng, K Yan, Z Ji. Multivariate Air Quality Forecasting with Nested LSTM Neural Network, IEEE Transactions on Industrial Informatics, 2021. (CAA推荐期刊, JCR Q1, IF=11.648)

13. H Hu, Q Guan, S Chen*, Z Ji*, Y Lin. Detection and Recognition for Life State of Cell Cancer Using Two-Stage Cascade CNNs. IEEE/ACM Transaction on Computational Biology and Bioinformatics, 2020, 17(3): 887-898. (CCF推荐期刊, JCR Q2, IF=3.702)

14. W Wang, Y Zhou, M Cheng, Y Wang, C Zheng, Y Xiong, P Chen, Z Ji*, B Wang*. Potential Pathogenic Genes Prioritization Based on Protein Domain Interaction Network Analysis. IEEE/ACM Transaction on Computational Biology and Bioinformatics, 2020, 18(3): 1026-1034. (CCF推荐期刊, JCR Q2, IF=3.702)

15. K Yan, J Huang, W Shen, Z Ji*. Unsupervised learning for fault detection and diagnosis of air handling units, Energy and Buildings, 2020, 20: 109689. (JCR Q1, IF=7.201)

16. Z Ji^#, W Zhao^#, HK Lin, X Zhou*. Systematically understanding the immunity leading to CRPC progression. PLoS Computational Biology, 2019, 15 (9): e1007344. (CCF推荐期刊, JCR Q1, IF=4.779)

17. M Hu, X Feng, Z Ji*, K Yan*, S Zhou. A novel computational approach for discord search with local recurrence rates in multivariate time series. Information Sciences, 2019, 477: 220-233. (CCF推荐期刊, JCR Q1,  IF=8.233)

18. K Yan^#, Z Ji^#, H Lu*, J Huang, W Shen, Y Xue. Fast and accurate classification of time series data using extended ELM: Application in fault diagnosis of air handling units. IEEE Transactions on Systems, Man, and Cybernetics: Systems, 2019, 49 (7): 1349-1356. (CAA推荐期刊, JCR Q1, IF=11.471, ESI高被引)

19. C Liu, J Chyr, W Zhao, Y Xu, Z Ji, H Tan, C Soto; X Zhou*. Genome-Wide Association and Mechanistic Studies Indicate That Immune Response Contributes to Alzheimer's Disease Development，Frontiers in Genetics, 2018, 9. (JCR Q1, IF=4.772)

20. K Yan, Z Ji*, W Shen. Online fault detection methods for chillers combining extended kalman filter and recursive one-class SVM. Neurocomputing, 2017, 228: 205-212. (CCF推荐期刊, JCR Q1, IF=5.779)

21. Z Ji, B Wang, SP Deng, Z You. Predicting dynamic deformation of retaining structure by LSSVR-based time series method. Neurocomputing, 2014, 137: 165-172. (CCF推荐期刊, JCR Q1, IF=5.779)

二、发明专利

1. 时磊，刘君强，计智伟，一种能量有效的混合无线传感器网络路由方法, 中国发明专利，ZL 201710050189.9, 2019-09-06。

2. 计智伟，夏菲，一种基于群智能优化的植物病害高精度识别方法，发明专利，实质审查公开。

3. 计智伟，王宗钦，一种基于人工智能的细胞类型高精度识别方法，发明专利，实质审查公开。

三、软件著作权

1. 夏菲, 计智伟，植物病害智能识别系统V1.0，计算机软件著作权登记，2022。

2. 王宗钦，计智伟，一种scRNA-seq数据聚类分析工具V1.0，计算机软件著作权登记，2023。

四、成果相关教材

1. 提出的BLP模型被写入了Springer教材Methods in Molecular Biology丛书之一《Bioinformatics and Drug Discovery》第16章第287页(2019年出版)。

2. 提出的有关细胞间通讯的系统模型被写入了Elsevier教材《Exploring Mathematical Modeling in Biology》第2章第54页(2020年出版)。

五、其他成果

1. 计智伟，多尺度模型系统理解导致CRPC发展的免疫学原理，亚太地区药物研发与数字化技术创新专题研讨会，南京，2020-11-28至2020-11-29，大会特邀报告。

2. 计智伟，A novel Bioinformatics Approach to Reveal Oscillatory Patterns of Gene Expression in AD. 第十届江苏省生物信息学学术会议暨第九届全国生物信息学与系统生物学学术大会--扬州卫星会议，扬州，2020-11-27至2020-11-28，大会特邀报告。

3. Z Ji, B Wang, K Yan, L Dong, G Meng, L Shi, A linear programming computational framework integrates phosphor-proteomics and prior knowledge to predict drug efficacy. 16th International Conference on Bioinformatics (InCoB), Best Paper Golden Award (BMC Systems Biology), Shenzhen, 2017-09-20至2017-09-22。

奖励荣誉

1. 第五届“绽放杯”5G应用征集大赛乡村振兴专题赛全国优胜奖，工信部，2022-09-01。

2. 祁亨年，汪杭军，方崇荣，胡军国，邓飞，罗显贵，计智伟，姜广宇，马灵飞，张广群，李文珠, 木材多尺度图像采集和辅助识别及其应用，浙江省林业厅, 第十二届科技兴林奖，2012-05.

社会兼职

EDITORIAL POSITIONS:  

l 2018-09至2019-12, Associate Guest Editor (客座编辑) for Special issue: “Machine Learning for AI-Enhanced Healthcare and Medical Services: New Development and Promising Solution” on IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (IF=3.702).

l 2020-05至2020-10, Guest Editor (客座编辑) for Special issue: “Artificial Intelligence (AI) Optimized Systems Modeling for the Deeper Understanding of Human Cancers” on Frontiers in Bioengineering and Biotechnology (IF=6.064), Frontiers in Genetics (IF=4.772).

l 2020-09至2021-02, Associate Guest Editor (客座编辑) for Special issue: “Artificial Intelligence on Biological and Medical Information Processing” on Scientific Programming (IF=1.672).

l 2021-05至2021-06, Chair for workshop “Big data analysis, modeling, and prediction” in ICIVIS2021.

l 2021-11至2022-06, Guest Editor (客座编辑) for Special issue: “The Advanced Computational Biology Approaches for Accelerating Comprehensive Research of the Human Brain” on Biomolecules (IF=6.064).

l 2022-03至2022-09, Guest Editor (客座编辑) for Special issue: “The Advanced Computational Biology Approaches for Accelerating Comprehensive Research of the Human Brain” on Frontiers in Genetics (IF=4.772).

l 2022-04至2022-09, Associate Guest Editor (客座编辑) for Special issue: “Advances in Machine Learning and Artificial Intelligence in Preclinical Cell and Gene Therapies” on Frontiers in Bioengineering and Biotechnology (IF=6.064).

SERVICE TO THE COMMUNITY:

    2020-Present: Manuscript Reviewer for the following journals:

l IEEE Transactions on Systems, Man, and Cybernetics: Systems (顶刊)

l IEEE Transactions on Industrial informatics (顶刊)

l IEEE Internet of Things Journal (顶刊)

l IEEE Transactions on Geoscience and Remote Sensing (顶刊)

l IEEE Transactions on Computational Social Systems

l IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics

l Expert Systems with Applications (顶刊)

l Engineering Applications of Artificial Intelligence (顶刊)

l Neurocomputing (顶刊)

l European Journal of Agronomy (顶刊)

l Computers and Electronics in Agriculture (顶刊)

l IEEE Sensor Journal

l Briefings in Bioinformatics

l Briefings in Functional Genomics

l Computers in Biology and Medicine   

l Frontiers in Pharmacology (顶刊)

l Frontiers in Bioengineering and Biotechnology

l Frontiers in Genetics

l Automation in Construction (顶刊)

l Biomedical Signal Processing and Control

l CVPR (顶会)

l ICDM (顶会)

联系我们

大数据智能计算研究中心(CDSIC)，经过1年多的快速发展，已吸纳了优秀学者共15人，包括教授、副教授和讲师共5人，博士和硕士研究生共10人，本科生2人。 团队现与美国德克萨斯大学、维克森林大学、里海大学、奥克兰大学、新加坡国立大学和浙江大学的多个优秀团队建立了合作关系。课题组可每年选派老师或研究生出国访学。欢迎具有相关研究背景的海内外学者申请副教授或青年研究员(Tenure-track)，加盟我们的团队。

 热忱欢迎专业或研究方向为数学（信息与计算科学、应用数学、统计学）、计算机科学与技术（机器学习、数据挖掘、计算机视觉）、控制和自动化（复杂系统建模与计算智能、生物特征识别）、数据科学与大数据技术、生物信息与系统生物学的同学申请进组攻读博士和硕士研究生。

博士招生专业：智能科学与技术

学术型硕士招生专业：计算机科学与技术

专业型硕士招生专业：电子信息（计算机方向）、电子信息（自动化方向）

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